1973年國(guó)務(wù)院召開(kāi)了第一次全國(guó)環(huán)境保護(hù)工作會(huì)議，制定了“全面規(guī)劃、合理布局、綜合利用、化害為利，依靠群眾、大家動(dòng)手、保護(hù)環(huán)境、造福人民”，三十二字環(huán)境保護(hù)工作方針。1974年原自治區(qū)綜合利用辦公室由自治區(qū)建筑工程局移交自治區(qū)計(jì)劃委員會(huì)代管，并于同年成立自治區(qū)環(huán)境保護(hù)辦公室。1976年自治區(qū)環(huán)境保護(hù)領(lǐng)導(dǎo)小組成立，同年自治區(qū)環(huán)境監(jiān)測(cè)站、自治區(qū)環(huán)境保護(hù)科學(xué)研究所、烏魯木齊市環(huán)境保護(hù)辦公室相繼成立。這一時(shí)期工作的重點(diǎn)在烏魯木齊地區(qū)，主要抓了新建項(xiàng)目的三同時(shí)和市區(qū)內(nèi)的消煙除塵工作。

1979年6月，新疆維吾爾自治區(qū)環(huán)境保護(hù)局成立(一級(jí)局建制)，新疆環(huán)境科學(xué)學(xué)會(huì)成立，1980年由原自治區(qū)科委、自治區(qū)建委共同領(lǐng)導(dǎo)的新疆環(huán)境保護(hù)科學(xué)研究所移交自治區(qū)環(huán)保局。自治區(qū)人民政府自1980年起到1985年前先后批準(zhǔn)建立了16個(gè)自然保護(hù)區(qū)。1983年9月自治區(qū)人大常委會(huì)審議批準(zhǔn)了《新疆維吾爾自治區(qū)關(guān)于貫徹執(zhí)行國(guó)務(wù)院<征收排污費(fèi)暫行辦法)的具體規(guī)定》，1985年，在全區(qū)范圍內(nèi)開(kāi)展了首次工業(yè)污染源調(diào)查工作，基本摸清了自治區(qū)工業(yè)污染的現(xiàn)狀，建立了檔案，為自治區(qū)的工業(yè)污染防治工作提供了依據(jù)。

1985年3月，自治區(qū)環(huán)保局從城鄉(xiāng)建設(shè)環(huán)境保護(hù)廳分離，重新成立自治區(qū)環(huán)境保護(hù)局(二級(jí)局建制)，1990年6月，自治區(qū)環(huán)保局改變隸屬關(guān)系，由自治區(qū)人民政府直接領(lǐng)導(dǎo)，這一時(shí)期，國(guó)家法律法規(guī)、制度逐于完善，根據(jù)國(guó)家的要求，各項(xiàng)工作全面展開(kāi)。從1995年開(kāi)始，圍繞“一控雙達(dá)標(biāo)”工作，自治區(qū)人民政府先后頒布了《新疆維吾爾自治區(qū)石油勘探開(kāi)發(fā)環(huán)境管理辦法》、《新疆維吾爾自治區(qū)飲食娛樂(lè)服務(wù)企業(yè)環(huán)境管理規(guī)定》、印發(fā)了《新疆維吾爾自治區(qū)人民政府關(guān)于進(jìn)一步加強(qiáng)環(huán)境保護(hù)工作的決定》、印發(fā)了關(guān)于對(duì)《國(guó)務(wù)院關(guān)于環(huán)境保護(hù)若干問(wèn)題的決定》。

1996年自治區(qū)環(huán)保局提出實(shí)施“13211”環(huán)境保護(hù)行動(dòng)計(jì)劃即：一個(gè)城市、三大油田、兩個(gè)湖泊、一個(gè)自然保護(hù)區(qū)，一個(gè)河流。1997年5月，自治區(qū)人民政府印發(fā)了《新疆維吾爾自治區(qū)“13211”環(huán)境保護(hù)行動(dòng)計(jì)劃實(shí)施方案》，擬定在今后5～15年內(nèi)解決自治區(qū)一些重大環(huán)境問(wèn)題。同年3月，自治區(qū)黨委、人民政府召開(kāi)自治區(qū)計(jì)劃生育和環(huán)境保護(hù)工作座談會(huì)，計(jì)劃用五年時(shí)間解決烏魯木齊市冬季煙塵污染問(wèn)題。

2000年8月，自治區(qū)環(huán)保局召開(kāi)全疆環(huán)保局長(zhǎng)工作會(huì)議，印發(fā)了近期攻堅(jiān)工作的緊急通知，要求各地區(qū)、各排污單位按照宜治則治、宜關(guān)則關(guān)、宜停則停、宜轉(zhuǎn)則轉(zhuǎn)、一廠一策的原則，采用不同形式促進(jìn)企業(yè)實(shí)現(xiàn)達(dá)標(biāo)排放，并呈請(qǐng)自治區(qū)人民政府對(duì)全疆108個(gè)未達(dá)標(biāo)工業(yè)企業(yè)的超標(biāo)排污車間(工段)下達(dá)停產(chǎn)治理的決定。同年11月，自治區(qū)人民政府召開(kāi)了一控雙達(dá)標(biāo)工作電視電話會(huì)議，通報(bào)了全疆一控雙達(dá)標(biāo)工作進(jìn)展情況，提出了加大工作力度，采取有效措施，確保一控雙達(dá)標(biāo)任務(wù)按期完成，實(shí)現(xiàn)我區(qū)九五環(huán)保目標(biāo)的要求。

2000年1月，自治區(qū)人民政府召開(kāi)自治區(qū)人口、資源、環(huán)境工作座談會(huì)，提出了工業(yè)污染防治與生態(tài)環(huán)境保護(hù)并重的具體要求。同年，由自治區(qū)計(jì)劃委員會(huì)牽頭編制的《西部大開(kāi)發(fā)——新疆開(kāi)發(fā)規(guī)劃》明確提出了10年內(nèi)重點(diǎn)實(shí)施的六大生態(tài)環(huán)境保護(hù)工程。

2002年3月，自治區(qū)召開(kāi)了全疆環(huán)境保護(hù)工作會(huì)議，表彰了2001年全區(qū)實(shí)施目標(biāo)責(zé)任書(shū)成績(jī)突出的地區(qū)，并與各地、州、市政府(行署)簽訂了環(huán)境保護(hù)目標(biāo)責(zé)任書(shū)。

2009年4月，自治區(qū)環(huán)境保護(hù)局升格為自治區(qū)環(huán)境保護(hù)廳。

2018年12月，成立自治區(qū)生態(tài)環(huán)境廳，跨區(qū)域成立6個(gè)生態(tài)環(huán)境監(jiān)察專員辦公室（正處級(jí)），作為自治區(qū)生態(tài)環(huán)境廳派出機(jī)構(gòu)，承擔(dān)所轄區(qū)域的生態(tài)環(huán)境保護(hù)監(jiān)察和督察工作。2020年4月，各地（州、市）生態(tài)環(huán)境局實(shí)行以自治區(qū)生態(tài)環(huán)境廳為主的雙重管理，仍由地（州、市）協(xié)助管理。2020年12月，組建自治區(qū)生態(tài)環(huán)境保護(hù)綜合行政執(zhí)法局。

新疆的生態(tài)環(huán)境保護(hù)工作，經(jīng)過(guò)多年努力，對(duì)環(huán)境問(wèn)題的認(rèn)識(shí)，也提高到一個(gè)新的水平，從單純抓工業(yè)污染防治到污染防治與生態(tài)保護(hù)并重，從末端治理污染到全過(guò)程控制，從單純抓環(huán)保工作到積極參與綜合決策。已經(jīng)建成了三級(jí)環(huán)保行政管理、監(jiān)察、監(jiān)測(cè)、科研、宣教、服務(wù)網(wǎng)絡(luò)，形成生態(tài)保護(hù)、污染防治、輻射環(huán)境監(jiān)管、危險(xiǎn)廢物及核安全監(jiān)控管理體系，取得了一定的成就，使全疆環(huán)境污染和生態(tài)破壞得到了遏制，環(huán)境質(zhì)量沒(méi)有隨經(jīng)濟(jì)的迅速發(fā)展而嚴(yán)重惡化，局部地區(qū)環(huán)境質(zhì)量還有所改善。但是，我們應(yīng)該清醒地認(rèn)識(shí)到，我們面臨的環(huán)境形勢(shì)十分嚴(yán)峻，新疆由于受歷史條件限制和地域特點(diǎn)制約，生態(tài)環(huán)境十分脆弱，生態(tài)系統(tǒng)易遭破壞并難以恢復(fù)，環(huán)境保護(hù)的任務(wù)還相當(dāng)艱巨。我們相信，只要堅(jiān)持環(huán)境保護(hù)這項(xiàng)基本國(guó)策，堅(jiān)持可持續(xù)發(fā)展戰(zhàn)略，經(jīng)過(guò)全疆環(huán)保工作者和自治區(qū)各族人民共同努力，就能夠遏制環(huán)境惡化的趨勢(shì)，為自治區(qū)經(jīng)濟(jì)和社會(huì)持續(xù)、快速、健康發(fā)展，創(chuàng)造一個(gè)和諧的環(huán)境。